JUTSU PROHIBIDOS

Gracias al conocimiento de Orochimaru, Kabuto utiliza un jutsu prohibido llamado Edo Tensei creado por el segundo hokage y revive a ninjas famosos para utilizarlos en la guerra que se avecina, mientras que la Alianza Shinobi (alianza de todas las aldeas) se prepara de igual manera. ​ De entre los muertos resucitados, dos hermanos poseen parte del chakra del zorro demonio, y debido a ello Naruto se alerta de lo que está sucediendo. Una vez que el muchacho se da cuenta de la guerra, este huye con Bee y en su camino se encuentra con Tsunade y el Raikage; este último los persuade de que no se entrometan en la batalla pero Naruto se niega a ello, y finalmente lo convence de ir a combatir a los Akatsuki.  Los dos jinchūrikis, con la ayuda de varios clones sombra de Naruto, combaten a un ejército de Zetsus, seres creados a partir del ADN del primer Hokage (Hashirama Senju), lo que le da ventaja a las fuerzas de la Alianza; entre tanto Gaara (el kazekage) y los demás shinobis confrontan a los ninjas revividos. Después de ello, Itachi y Nagato que han sido revividos se encuentran con Naruto y Bee, y comienzan a pelear; el Uchiha logra liberarse de la técnica de resurrección y ayuda a los otros a derrotar a Nagato.Poco después, el segundo Tsuchikage Muu, por medio de Kabuto, revive a su más poderoso guerrero, Madara Uchiha; esto da a conocer que el verdadero líder de Akatsuki, Tobi, usó en realidad ese nombre con el fin de intimidar a sus adversarios.⁶⁵​ Ōnoki -el actual Tsuchikage- y Gaara, se ven acorralados por la fuerza de Madara, por lo que los restantes Kages llegan para equilibrar la situación; con la ayuda del rin'negan, Tobi crea una emboscada contra Naruto y Bee, ya que tiene bajo su merced los 6 cadáveres de los antiguos jinchūrikis con sus respectivas bestias selladas en ellos. la batalla contra Tobi se intensifica, en ese momento llegan como refuerzo dos ninjas de élite de la aldea, los cuales son muy apegados a Naruto. Después de descubrir el <jütsu> especial de Tobi logran revelar su verdadera identidad, el cual se trata de un antiguo compañero de Kakashi Hatake, Obito Uchiha el cual se suponía estaba muerto y quien había entregado su sharingan izquierdo a Kakashi. Inmediatamente el verdadero Madara Uchiha llega a la batalla después de derrotar a los cinco kages, también el resto del ejército ninja llega como apoyo a Naruto, en ese momento Madara y Obito reviven al diez colas conocido también como Jubi el cual, a diferencia de las demás bestias con cola, no pienza ni siente, la lucha continua con la llegada de los antiguos 4 hokages y Sasuke Uchiha, que ha decidido apoyar a Naruto. Durante la serie de batallas Obito se hace con el poder del diez colas, absorbiéndolo en su interior y así convirtiéndose en el segundo jinchūriki de este, después de una serie de eventos y la muerte de algunos de los personajes, logran arrebatarle este poder y liberar a los bijus con cola, los cuales son vueltos a tomar por Madara, el cual hiere de gravedad a Naruto cuando le extrajo al zorro de nueve colas y a Sasuke, al cual le encajo su propia espada. Con la ayuda de los recién redimidos Kabuto y Obito, estos vuelven a la batalla, ahora con poderes incrementados proporcionados por el sabio de los 6 caminos, hijo de la Diosa Kaguya Otsusuki. Madara lanza el tsukuyomi infinito con el cual se concreta el plan <<ojo de luna>>, todos en la tierra con excepción de Naruto, Sasuke, Kakashi, Sakura, Obito y los hokages revividos, además de Madara y los zetsus quedan dentro la ilusión. Después Madara seria traicionado por zetsu negro, quien en realidad es hijo de Kaguya, y este usa a Madara para traer a la vida a su madre, la cual desea recuperar todo su poder, absorbiendo el chakra de todos los que están atrapados dentro de la ilusión, pero después de una larga y poderosa batalla es sellada por Naruto y Sasuke junto con zetsu negro, y el mundo es liberado de la ilusión. En ese punto Sasuke intenta matar a los 5 kages, argumentando que desea formar un nuevo mundo sin el sistema ninja dando a conocer que lo que desea es una revolución, es vencido por Naruto en la batalla final de la historia, después de esto y con Kakashi como el Sexto Hokage, Sasuke se redimirá iniciando un viaje de expiación por sus crímenes. Posterior a esto, después de unos años, Naruto, ya casado con Hinata y con dos hijos, cumpliría su sueño de convertirse en Hokage y ser reconocido por todos en la aldea.