Durante el transcurso de la serie, y mientras van capturando todos y cada uno de los bijus, destinan a 2 miembros de Akatsuki a atrapar a Naruto, mas fracasan y son derrotados. No sin que haya pérdidas en la aldea de Konoha (una parte realmente triste).

 Por otro lado Sasuke termina con Orochimaru y libera a quienes éste tenía presos en la aldea del Sonido. Sasuke está hoy día reuniendo un conjunto de 3 personas, con el proposito de ir en busca de Itachi, su hermano, para matarlo definitivamente. Konoha se entera de que Sasuke ha acabado con Orochimaru, y deciden ir en busca Sasuke. Con lo que deciden expedir desde Konoha dos grupos de ninjas para esta misión.

 Los 8 de Konoha (Naruto, Sakura, Kakashi, Sai, Yamato, Kiba, Hinata y Shino), en su busca de Sasuke y también Itachi, son de repente detenidos por Tobi, que se burla delante de ellos acerca de la gran inferioridad numérica a la que se ve sometido. Un Kage Bunshin de Naruto ataca por detrás a Tobi con un Rasengan, pero éste le traspasa sin causarle ningún daño. Solo cuando aparece Zetsu (otro miembro de akatsuki), este se va y supone otro descalabro de Naruto en la restauración de Sasuke.