Mientrás Jiraiya el maestro de Naruto pierde la vida mientras estudia a un Akatsuki, que está relacionado con su pasado, Pain. Pero este antes de morir, deja en la espalda del sabio sapo un mensaje que Tsunade manda descifrar a Shikamaru. Naruto pide a Shikamaru que descifre el mensaje y descubra como derrotar a Pain, el que se podría considerar en ese instante como el miembro de Akatsuki más fuerte.


 Naruto es mandado a Myobokuzen debido a una invocación inversa, donde será entrenado para luchar contra Pain, el que tiene pretensión de destruir Konoha, lo que logra... pero Naruto es capaz de derrotarlo y Pain ya antes de morir, tras charlar con Naruto y este hacerle ver las cosas a su forma, decide recobrar el pueblo y revivir a todos


Naruto se vuelve un héroe, y de nuevo vuelve a procurar a recuperar a su amigo Sasuke el cual se hace integrante de Akatsuki (después de derrotar a su hermano y ser convencido por Tobi). Después empezará la tercera guerra ninja en la cual se desvela que Tobi en realidad es Madara, que viene siendo un Uchiha que padeció una vida muy afín a la de Naruto y Sasuke, mas se fue por el mal camino y decidió que para arreglar el mundo debía invocar el Ojo de Luna que hará entrar al mundo entero en un estado de sueño, donde sus vidas van a dejar de ser sus vidas y Madara va a poder decidir por todos, trayendo de este modo la paz. Pero Naruto junto a todas y cada una de las aldeas ninja no se lo permitirán, Naruto piensa que no es el camino para llegar a la paz, que para esto se tiene que dejar atrás el odio... El final solo lo vas a saber si has visto el anime o leído el manga.